– розробка наукових основ збереження та збільшення генетичного різноманіття плодових, ягідних, горіхоплідних і малопоширених культур;

– пошук та ефективне використання біологічних ресурсів цих культур шляхом селекції, інтродукції і біотехнології;

– формування генетичного банку, поповнення і вивчення колекцій;

– розмноження нових сортів і генетично цінних форм традиційними і біотехнологічними методами;

– удосконалення інтегрованої системи захисту плодових i ягідних насаджень від шкідників та хвороб;

– розробка науково-методичних основ удосконалення механізмів ціноутворення та функціонування аграрного ринку і його інфраструктури.

У плані наукових досліджень інституту переважають завдання пов’язані з селекційним процесом, формуванням, збереженням і вивченням генетичних ресурсів плодових, ягідних і горіхоплідних культур та  розробкою нових технологій вирощування садивного матеріалу, виробництва і зберігання плодів і ягід.

НДР ведеться по чотирьох науково-технічних програмах НААН:

– НТП 9  “Генетичні ресурси рослин”,

– НТП 16  “Садівництво”,

– НТП 15  “Захист рослин і фітосанітарна безпека”,

– НТП 39  “Аграрна економіка”.

Дослідження ведуться з найбільш поширеними  в зоні Лісостепу України культурами:

– плодовими – яблуня, груша, слива, вишня, черешня, абрикос, персик, алича садова;

– ягідними – смородина, поpiчки,  агрус, малина;

– горіхоплідними – фундук, горіх грецький;